特别纳税调整，是指税务机关出于实施反避税目的而对纳税人特定纳税事项所作的税务调整，包括针对纳税人转让定价、资本弱化、避税港避税及其他避税情况所进行的税务调整。它不同于一般纳税调整。一般纳税调整，是指在计算应纳税所得额时，如果企业财务、会计处理办法与税收制度规定不一致，应当依照税收法律、行政法规的规定计算纳税所作的税务调整，并据此重新调整计算纳税。
　　《企业所得税法》第四十一条规定，企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关按照合理方法调整。《企业所得税实施条例》第一百一十一条就此规定了6种方法，包括：可比非受控价格法、再销售价格法、成本加成法、交易净利润法、利润分割法以及其他符合独立交易原则的方法。
　　6种方法的具体运用：
　　1.可比非受控价格法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来的价格进行定价的方法。采用这种方法，必须考虑选用的交易与关联企业之间交易具有可比性因素：购销过程的可比性，包括交易的时间与地点、交货条件、交货手续、支付条件、交易数量、售后服务的时间和地点等；购销环节的可比性，包括出厂环节、批发环节、零售环节、出口环节等；购销货物的可比性，包括品名、品牌、规格、型号、性能、结构、外形、包装等；购销环境的可比性，包括社会环境（民族风俗、消费者偏好等）、政治环境（政局稳定程度等）、经济环境（财政、税收、外汇政策等）。可比非受控价格法调整公式：调增收入＝（非受控价格－受控价格）×受控销售数量。
　　2.再销售价格法，是指按照从关联方购进商品再销售给没有关联关系的交易方的价格，减除相同或者类似业务的销售毛利进行定价的方法。即对关联企业的买方将从关联企业的卖方购进的商品（产品）再销售给无关联关系的第三者时所取得的销售收入，减去关联企业中买方从非关联企业购进类似商品（产品）再销售给无关联的第三者时所发生的合理费用和按正常利润水平计算的利润后的余额，为关联企业中卖方的正常销售价格。采用这种方法，应限于再销售者未对商品（产品）进行实质性增值加工（如改变外形、性能、结构、更换商标等），仅是简单加工或单纯的购销业务，并且要合理地选择确定再销售者应取得的利润水平。再销售价格法调整公式：公平交易价＝再销售价－再销售利润率×再销售价。
　　3.成本加成法，是指按照成本加合理的费用和利润进行定价的方法。即将关联企业中卖方的商品（产品）成本加上正常的利润作为公平成交价格。采用这种方法，应注意成本费用的计算必须符合我国税法的有关规定，并且要合理地选择确定所适用的成本利润率。成本加成法一般应用于资产或劳务的供方转让资产或提供劳务给一个关联的购方，此方法最适用于在关联方之间销售半成品或是在受控交易中提供劳务时使用。成本加成法注重的是成本加成百分比而不是价格。成本加成法的调整公式是：公平交易价＝成本＋成本加成率×成本。
　　4.交易净利润法，是指按照没有关联关系的交易各方进行相同或者类似业务往来取得的净利润水平确定利润的方法。交易净利润法是指相对于一个合理的基数（如成本、销售额、资产）而言，纳税人从受控交易中实现的边际净利润。其运用的方式与再销售价格法和成本加成法一致。但交易净利润法是一种完全的净利润法，是剔除了所有的经营费用后的利润。一般在毛利无法确定时，才考虑采用交易净利润法。选择正确的“净利”是运用交易净利润法的关键，在对经营劳务与分销业务的关联企业调整转让定价时，一般采用销售额收益率来计算调整额；在对生产制造商调整转让定价时，一般采用成本收益率来计算调整额。
　　5.利润分割法，是指将企业与其关联方的合并利润或者亏损在各方之间采用合理标准进行分配的方法。应用利润分割法一般应进行贡献分析或残值分析。贡献分析是通过计算综合净利，检验关联企业在关联交易中的功能，通过分析财务数据资料来规定利润分割的百分比，然后进行转让定价的调整。残值分析是通过计算综合净利，检验关联企业在关联交易中的功能，按贡献分割残值，如对关联企业研究与开发费的分割问题。运用利润分割法通常是分割净利，在不可能确定受控交易的费用分摊时，才分割毛利然后分摊费用。
　　6.其他符合独立交易原则的方法。